研究者の倫理

読みました。

科学者をめざす君たちへ―研究者の責任ある行動とは

短い本なのですぐ読めます。本当は大学院生の内に目を通しておくべきなのかもしれません。
章末にあるケーススタディが結構リアルでおもしろい。これをもとにディスカッションすることを想定しているようです。

集合行動と進化的自殺

前回の記事から一年経ってしまいました。
今日は集合行動が進化することで個体群動態が変化し、最終的に絶滅に至るという理論の論文。
集合行動は生物に広く見られる現象ですが、今回はフェロモンなどで仲間を呼ぶ昆虫を考えます。
離散世代のモデルにおいて複数のサイトがあり、新しい世代の個体が順番にサイトを選ぶとします。その際に、既にサイトに入った個体数をもとにサイトを選ぶ重み付けのパラメータηを考えます。ηが０だと完全にランダムで、ηの値が大きくなるほど既に個体数が多いサイトを選ぶような形質です。
サイトに一定数以上の個体が集まると資源をうまく利用できるようになります（アリー効果）が、個体数が多くなりすぎるとスクランブル型の競争が激しくなって次世代に残すことができる個体数が減ります。アリー効果はある閾値で一気に効率が良くなるシグモイド関数で、競争は個体数が増えることで連続的に減少する指数関数で決定されます。
サイトごとの環境収容力に差はないため、ランダムにサイトを選んで均等に分布した方が平衡状態の個体数は増えますが、同時にアリー効果も強くなります。
この状態でηごとの個体数変動を見ると、ηが０の際には個体数振動が起きて不安定になるパラメータ条件でも、ηを１にすると平衡状態になることがわかりました。つまり、集合行動は個体群動態を安定化する働きがあります。
では、ηが進化するとどうなるか。Adaptive Dynamicsの手法で、在来種と少しだけ異なるηの値を持つ突然変異個体の侵入が可能かどうかを調べてみると、初期値がある程度低い場合ηが０になる、つまり集合行動が起きないように進化することがわかりました。初期値がある程度低いと、個体はどのサイトにも均等に分布しているため、突然変異個体がちょっと集合しても資源利用の効率が大して良くならないうえ、競争が激しくなってしまうためだと思われます。
一方、初期値がある程度大きければ、ηが次第に大きくなる進化が起きることがわかりました。最初から集合する傾向があれば、サイトごとの分布が偏っているため、既に個体数が多いサイトに入らないと資源を利用することができません。ランダムに選んでたまたま誰もいないサイトに入ると、アリー効果のために資源を利用することができなくなる可能性があります。
しかし、進化の結果ηが大きくなるとサイト内での競争が激しくなり、平衡状態の個体数が０に近付いていって絶滅が起きることがわかりました。このような適応進化の結果起きる絶滅は「進化的自殺（evolutionary suicide）」と呼ばれています。これは適応進化の結果絶滅を免れる「進化的救助（evolutionary rescue）」と逆の現象ですね。
この論文では、これまで実証研究で言われてきたような「アリー効果のみによって集合行動が進化しうる」という論理が必ずしも成り立たないことを示しています。
このモデルはかなり単純なアルゴリズムで集合行動を起こす場合を考えていますが、中程度の個体数のサイトを選んだり世代内で移動できるようにすれば、理想自由分布の結果に近付いていくかもしれません。

論文

おかげさまで、論文が出ました。
Am NatとMBEです。
あと、Heredityに論文の紹介記事を書きました。
よろしければ読んで頂けると嬉しいです。

ちなみに現在アメリカに来ています。
寒いです。
あと二週間で帰る予定です。

帰ったら

Adaptive Diversification (Monographs in Population Biology)

Food Webs (Monographs in Population Biology)

あたりを読みたいと思っています。

2011年も半分終わり

スイスのサマースクールのメンバーで書いた共著論文が出ました。
こちらです。
Open Accessなので読んでいただけると嬉しいです。

あと、5月は別のサマースクールで沖縄に行っていました。
最近の輪読では、ここらへんを読んでいます。

Community Ecology: Processes, Models, and Applications

An Introduction to Stochastic Modeling, Fourth Edition

分子進化と分子系統学

あとはこんなものを読んだり。

青の炎 (角川文庫)

光の帝国 常野物語 (集英社文庫)

プリンセス・トヨトミ (文春文庫)

もし高校野球の女子マネージャーがドラッカーの『マネジメント』を読んだら

海街diary 1 蝉時雨のやむ頃

化物語(上) (講談社BOX)

傷物語 (講談社BOX)

最近読んだ／見たもの

Coalescent Theory: An Introduction

研究者人生双六講義 (岩波科学ライブラリー 96)

インドでわしも考えた (集英社文庫)

捕食者なき世界

南極料理人 [DVD]

蒼天航路（1） (モーニング　KC)

1年振り返り

遅ればせながら、極私的振り返り。
1月：連載の締め切りで大変でした。
2月：東北大のシンポへ。McCannと話せたのがよかった。あと、この時に投稿する雑誌を決めたのでした。後輩と牛タン食いました。
3月：生態学会。初めてポスター賞をいただきました。それから、初めて論文を投稿しました。
4月：初めてリジェクトされました。学長賞をいただきました。
5月：連載締め切りと、渡航準備。3年間住んだ家を引き払いました。
6月：アメリカに行って、Evolutionに参加。Reznick、Orr、WhitlockやLososと話したのが印象的。
7月：Stanford, UC Berkleyの見学をしました。
8月：ESA。Abramsと話せたのと、サマースクールメンバーとの再会はよかった。査読。
9月：Cornellの授業に参加してみました。最後の月なので名残惜しかった。
10月：帰国して、新しい家に住み始めました。副論と企画集会案提出。
11月：京都と台湾へ行きました。
12月：査読。共著論文投稿。
こうして見ると、あくまで米国渡航を中心にまわった一年でした。
帰ってきてから考えると、もう少し長くいてもよかったかな。
論文の方は…まぁ、もっとがんばります。

2010年の終わり

読みました。

生命は細部に宿りたまう――ミクロハビタットの小宇宙

ミクロハビタットに棲み、人知れず消えゆく可能性のある微小な生物への愛情が伝わって来る本でした。
ミミズハゼ見てみたい。「日本の渚」も読まないと。

チェンジング・ブルー―気候変動の謎に迫る

古気候の変動を、同位体・天体運動などから調べる研究者達の話。
翻訳書と見紛う、和書に珍しい骨太な印象。

Photobook植物細胞の知られざる世界

京都に行った際に著者の方のサイエンス・バーに同席する機会があり、買わせていただきました。
写真がとてもきれいです。

月刊 秘伝 2011年 01月号 [雑誌]

学部時代のサークルの先生が特集されていたので買ってしまいました。
真面目な弟子とは言い難かったですが、いろいろと言われたことも意外と覚えているものです。

カッコカワイイ宣言! 1 (ジャンプコミックス)

小中学校の同級生が描いた漫画。
ネット界隈では特に人気なようで…何か不思議。

ユリイカ2010年12月号　特集=荒川弘　『鋼の錬金術師』完結記念特集 (ユリイカ詩と批評)

知り合いの方が寄稿されてました。
錬金術を科学と読み替えて見直してみるとおもしろいかも。

ついでに、クリスマス前後にはこれらなども再読。

太陽の塔 (新潮文庫)

四畳半神話大系 (角川文庫)

で、来年の札幌の集会の日程を考えてみました。
初日：藻類→社会性？
二日目：適応／陸域水域→社会寄生／データ解析
三日目：ゲノミクス→ランチョンセミナー
四日目：島嶼／迅速／メソ→情報
五日目：制限機構／微生物
実際に聞きたいものは殆どかぶっているので、適当に動きながらということになりそうです。

今年は3本（共著も含め）論文投稿できたところまでは良かったのですが、受理まで漕ぎ着けられなかったのがなんとも残念でした。来年はこいつらの受理と残りの仕事3本の投稿を目指したい。
アメリカに4ヶ月滞在したことも大きな出来事でした。ポスドクについての具体的なイメージが持てたような。
連載はとりあえず年2本というペースで書けてるということで。来年はついに最終回を迎える予定です。
学会は、EvolutionとESAが楽しかったです。いろいろな人に会えたし。
来年は博士課程も最終学年ということで、気合い入れていきたいところです。
それでは皆様、よいお年を。